Complicated révèle la crise invisible que vivent les enfants atteints de maladies complexes, laissés pour compte par la médecine américaine. Alors que des parents risquent de perdre leurs enfants s'ils vont trop loin pour les aider, le film examine les maladies, les lacunes de la recherche et les systèmes de protection de l'enfance qui se heurtent.