Akira është kthyer i gjallë pasi mposht Betën, por shpejt Tokio është shënjestruar nga një sulm hakerimi në shkallë të gjerë. Ai zhytet në rrjet së bashku me klonët e Ygg për të kuptuar shkakun dhe lufton armiqtë brenda, por ndërkohë hakerimi përhapet në të gjithë botën. Ai merr përsipër bazat ushtarake dhe qëllon një breshëri raketash balistike ndërkombëtare, duke kërkuar të shkatërrojë të gjithë botën. Për të shpëtuar njerëzimin, Akira merr një vendim të lindur nga dashuria.