EVA-00 më në fund riparohet, dhe Shinji përpiqet ta njohë më mirë piloten e saj enigmatike, Rei Ayanami. Megjithatë, ai është i hutuar sepse ajo është jashtëzakonisht e izoluar, nuk ka miq fare, dhe i gjithë regjistrimi i së kaluarës së saj është fshirë. Në mes të kësaj, një Engjëll shumë i fuqishëm, monoliti lundrues Ramiel, sulmon Tokio-3.