Shinji fillon të ndjekë shkollën e tij të re në Tokio-3 dhe ka një kohë të vështirë të përballet me famën e të qenit një pilot i Evangelion. Touji Suzuhara, motra e vogël e të cilit u plagos në luftën e Shinjit kundër Engjëllit, është e zemëruar me Shinjin. Shfaqet një Engjëll i ri, dhe Shinji duhet të pilotojë përsëri EVA-01 për ta mposhtur atë.