Shumë i frikësuar për t'u përballur me Misaton ose Rein, Shinji ikën përsëri, vetëm për t'u takuar dhe për t'u miqësuar me Kaworu Nagisën, pilotin zëvendësues për EVA-02. Hapja dhe mirëdashësia e Kaworu-së i ofrojnë ngushëllimin e nevojshëm Shinjit të shqetësuar. Megjithatë, dyshimet janë të shumta mbi aftësitë e jashtëzakonshme të sinkronizimit të Kaworu-së.