Njësia Evangelion-03 mbërrin nga Shtetet e Bashkuara. Megjithatë, eksperimenti i aktivizimit të tij nxjerr në pah makthin më të keq të NERV kur rezulton se është infektuar nga Engjëlli i Trembëdhjetë. EVA-të e tjera dërgohen për të luftuar neverinë e infektuar nga Engjëlli... madje edhe me rrezikun e vrasjes së pilotit të saj të pafuqishëm.