Shinji e mposht Asukën në një provë sinkronizimi, për bezdisjen e saj të madhe. Jo shumë kohë më vonë, EVA-të dërgohen për t'u marrë me një shfaqje misterioze, dhe EVA-01 thithet në një errësirë ​​si hije që materializohet nga hiçi poshtë saj. Ndërsa një operacion emergjence për të shpëtuar EVA-n e kapur është sajuar, Shinji shkon në një udhëtim në thellësitë e vetëdijes së tij...