Një provë rutinë që përfshin pilotët e EVA-s shndërrohet në një luftë për mbijetesë kur një lloj krejtësisht i ri Engjëlli shfaqet dhe përhapet brenda selisë së NERV. Ky engjëll i ri, i ngjashëm me kompjuterin, kërcënon të shkaktojë vetëshkatërrimin e të gjithë objektit, duke e lënë Dr. Ritsuko Akagi në një garë kundër kohës për të shpëtuar GeoFront dhe për të shkatërruar Engjëllin.