Ndërsa lundrojnë në kanalizimet e qytetit të Nju Jorkut, Arinjtë e Vegjël takohen me mjeshtrin ninxha Cheddar (Dante Basco), i cili duhet të ndalojë Ekipin e Çizmeve, të udhëhequr nga ish-aleati i tij Slice (Greg Chun), që të shkaktojë kaos në qytet. Arinjtë e Vegjël vendosin të bëhen nxënës të tij dhe të mësojnë mënyrat e ninxhave, ndërkohë që duhet të merren edhe me një aligator në kanalizime.