Gjatë një lufte kundër Eggman, Knuckles vuan nga amnezia. Miqtë e tij përpiqen ta ndihmojnë, duke i kujtuar gabimet e tij më të këqija nëpërmjet kujtimeve të kaluara. Por ai bëhet më i dëshpëruar kur mëson se është i fundit i llojit të tij - echidna e fundit. Duke u ndjerë krejt i vetëm në botë, Knuckles niset të gjejë një familje kujdestare midis fshatarëve që mund të jenë të gatshëm ta pranojnë.