Sub-Zero del të takohet me mikun e tij Smoke, i cili kthehet papritur pasi ka qenë larg për shumë vite. Sub-Zero dhe Smoke ishin miqtë më të mirë përpara se kreu i klanit Lin Kuei të jepte urdhrin për automatizimin e Ninjave. Sub-Zero arriti të ikte nga kjo, por Smoke u arrestua dhe mori trupin kibernatik. Tani Sub-Zero dëshiron të dijë nëse miku i tij i vjetër ende ka shpirtin e një njeriu apo nëse është bërë vetëm një makinë për vrasje. Urdhrat e Smoke janë të shkatërrojnë Sub-Zeron dhe luftëtari i akullt është i bllokuar. Miqtë e tij të vërtetë të tokës vijnë për ta ndihmuar dhe për të filluar betejën me forcat e Lin Kuei. Shpirti i Smoke ishte ende në trupin e tij të automatizuar dhe merr epërsinë, tani ai e gjen veten duke luftuar përsëri së bashku me mikun e tij Sub-Zero. Ata ndjekin udhëheqësin e Lin Kuei, i cili zotëron aftësinë për t'u transformuar në kafshë, por dyshja e fortë e ninjave nuk heq dorë nga shanset e tyre për fitore. Ata mposhtin udhëheqësin e tyre të saktë dhe Smoke i thotë lamtumirë Sub-Zero dhe zhduket përsëri, pos.