Plani i fundit i dominimit të botës i Dr. Phibes përfshin prodhimin e një ushtrie masive të nano-kloneve. Çdo klon përfaqëson një pjesë të ndryshme të personalitetit të Phibes. Shaggy dhe Scooby duhet të përballen me detyrën e tyre më të vështirë deri më tani, por pak e dinë se nëse Scooby konsumon shumë nga nano-formula, aq më shumë ka gjasa që ai të bëhet imun ndaj efekteve të saj. Ndërkohë, pastrimi pranveror i Robit krijon edhe më shumë kaos për të gjithë.