Wolverine duhet të kapërcejë ndjenjat e tij për Jean, dhe Storm duhet të kapërcejë klaustrofobinë e saj paralizuese, kur ekipi udhëton në kanalizime për të shpëtuar Jean Grey dhe Cyclops nga një racë mutantësh të deformuar tmerrësisht të njohur si Morlocks, dhe udhëheqësja e tyre Callisto, e cila dëshiron ta bëjë Scott mbretin e saj.