Sekretet e Vatikanit tregon historinë epike dhe të brendshme të rënies së papatit Benedikt — dhe ndriçon sfidat e jashtëzakonshme me të cilat përballet Papa Françesku ndërsa ai përpiqet të reformojë burokracinë e fuqishme të Vatikanit, të çrrënjosë korrupsionin dhe të hartojë një kurs të ri për Kishën Katolike në telashe dhe 1.2 miliardë ndjekësit e saj.