Kanë kaluar nëntë vjet. Gjatë kësaj kohe, Shiro, Yuri, Riku dhe të tjerët fituan përvojë dhe u rritën. Ndërkohë, në Seksionin 13, eksperimentet e Eliksirit vazhduan. Edhe pse Amaimon zotëron me sukses një trup të ri, Luciferi ende nuk është në gjendje të gjejë një trup të përshtatshëm dhe në vuajtjet e tij, lidhja e tij me gjërat materiale bëhet më e fortë. Megjithatë, në mes të gjithë kësaj, një qenie që është "vetë universi" mishërohet në një subjekt të caktuar testimi.