Kur një raketë me gjashtë bomba bërthamore u dërgua në hapësirë ​​për zhvillimin e planetit Jupiter, raketa prishet dhe bie në det, me vetëm një nga bombat që shpërthen, duke shkaktuar një katastrofë në det. Me katër nga bombat e gjetura, i takon Patrullës së Shkencës të gjejë bombën e humbur. Ndërkohë, Fuji-t i jepet pushim nga Kapiten Muramatsu (për xhelozinë e madhe të Ide-s), dhe ajo, Hoshino dhe një vajzë e vogël me emrin Michiko shkojnë në Hotelin bregdetar Mamiyama dhe argëtohen. Ndërkohë, Hayata heton një katastrofë me varkë të shkaktuar nga një valë lëvizëse në det, e shkaktuar nga përbindëshi gjigant humanoid i detit Ragon. Ky nuk është bisha e butë siç shihet në Ultra Q, ky Ragon, i mutuar nga rrezatimi i bombës së shpërthyer të lartpërmendur, është armiqësor dhe i dhunshëm. Jo vetëm që po shkon drejt Hotelit Mamiyama, por bomba e humbur varet nga trupi i tij!!! A do të jenë të sigurt Fuji dhe dy fëmijët? A mund ta luftojë Ultraman Ragon pa e shpërthyer bombën atomike?