Kanë kaluar dy vjet pa asnjë incident që kur Soshi u kthye në shtëpi. Kazuki dhe brezat e tij lanë pilotë Fafner, tani po punojnë në një pozicion të ri. Brezat e ardhshëm janë rritur si pilotë të mirë Fafner ose kadetë të mirë. Një ditë, Kompania Perseus e udhëhequr nga Gjenerali Narain sjell një vajzë Emery me një informacion të rëndësishëm në ishull. Incidenti ka një efekt në rritjen e bërthamës tjetër.