Ekspedita e Atlantis gjen në mënyrë misterioze Daedalus-in, të braktisur dhe duke u endur në hapësirë. Kur ekipi i Nënkolonelit John Sheppard vjen për të hetuar, anija zhduket në mënyrë misterioze. Ata shpejt zbulojnë se anija është në fakt një Daedal alternativ nga një realitet alternativ, dhe ekipi duhet të gjejë një mënyrë për t'u kthyer në Universin e tyre ose rrezikojnë të mbeten të bllokuar përgjithmonë në një realitet të panjohur.