Dr. Daniel Jackson mbërrin në Atlantis për të hetuar një laborator të fshehur të lënë pas nga shkencëtari mashtrues i Lashtë Janus. Zbulimi i tyre ka tërhequr vëmendjen e një grupi misterioz alienësh, të cilët infiltrohen në qytet. Ndërkohë, "Todd" dhe një delegacion mbërrijnë në Daedalus për të sjellë përpara terapinë gjenetike të Dr.