Tetsuro beson se e ka çliruar Tokën nga Perandoria Metanoid, megjithatë një vit më vonë ai e gjen veten të burgosur nga një diktator i ri njerëzor. Maetel dhe Galaxy Express 999 e shpëtojnë atë dhe i rikthejnë armën dhe kapelen e tij të njohur, duke i ripërtërirë vendosmërinë për të shpëtuar shtëpinë e tij. Para se treni të fillojë një udhëtim tjetër, ai duhet të përballet me kalorësin vdekjeprurës Helmazaria, një agjent i një errësire në rritje që kërcënon të konsumojë dritën.

Aktorët

• Masako Nozawa — Tetsurou Hoshino (zëri)
• Masako Ikeda — Maetel (zëri)
• Koichi Yamadera — Captain Herlock (zëri)
• Yuko Minaguchi — Claire (zëri)
• Yoshiko Sakakibara — Helmazaria (zëri)
• Noriko Hidaka — Iselle (zëri)
• Kazuya Tatekabe — Iselle's Father (zëri)
• Keiko Toda — Kanon (zëri)