Giovanni, udhëheqësi i Ekipit Rocket, e gjen Mewtwo-n në një pjesë të largët të Johto-s dhe përpiqet ta kapë atë përsëri. Ndërsa Ash dhe shokët e tij përpiqen të shpëtojnë Pikachu-n nga Jessie dhe James, operativi i ri i Ekipit Rocket, Domino, i rrëmben ata. Pokémon-ët e klonuar kapen dhe përdoren për të joshur Mewtwo-n në një përballje me Giovanni-n, duke e detyruar Mewtwo-n të luftojë si për liri ashtu edhe për të kuptuar nëse qeniet e krijuara nga shkenca mund të kenë një qëllim të vërtetë.

Aktorët

• Rica Matsumoto — Satoshi (zëri)
• Ikue Otani — Pikachu (zëri)
• Mayumi Izuka — Kasumi (zëri)
• Satomi Korogi — Togepy (zëri)
• Yuji Ueda — Takeshi (zëri)
• Megumi Hayashibara — Musashi (zëri)
• Shin-ichiro Miki — Kojiro (zëri)
• Inuko Inuyama — Nyarth (zëri)