Dès son premier jour au sein d'ARKS, Ash, un homme en quête de lui-même, hanté par un rêve récurrent d'une femme qui lui parle de destin, est recruté dans l'unité Oribe. Il y rencontre un camarade nommé Afin, qui insiste pour l'appeler « partenaire ». Les deux hommes se retrouvent en danger lorsque leur unité est prise en embuscade par des Falspawn et massacrée. Grâce à l'aide de Zeno et Echo, membres expérimentés d'ARKS, ils parviennent à s'échapper. Le groupe croise alors une mystérieuse jeune fille aux cheveux blancs et un homme masqué encore plus énigmatique, bien décidé à la tuer.