Le maléfique Capitaine Nimoy projette d'utiliser des missiles à ogives nucléaires pour engloutir des continents sous les flots et y établir son pouvoir. Nimoy est aidé par un androïde, double de Batman, mais Superman et Wonder Woman étant en mission spatiale, les Super Amis reçoivent l'aide des minuscules amis kryptoniens de Superman, originaires de la cité miniature de Kandor.