Nous sommes en avril 2096, et la vie de Tatsuya évolue à l'approche de sa deuxième année. Tatsuya et Mizuki intègrent le tout nouveau Département d'Ingénierie Magique, et Mikihiko, quittant la deuxième année, rejoint la première. Tatsuya et Mizuki vivent désormais chez Minami, envoyée par la famille Yotsuba. Tatsuya aborde la rentrée scolaire avec l'espoir d'une vie étudiante paisible, mais l'arrivée de nouveaux élèves marque aussi le début de l'année, comme Kasumi et Izumi, les jumelles de la famille Sagusa, et Takuma Shippou, le nouveau major de promotion, qui nourrit une rivalité avec cette même famille. Chacun d'eux possède un ou deux Alters, pour le meilleur et pour le pire…