Alors que le virus mortel se propage dans toute la ville, la recherche de l'antidote se poursuit. Fish Mooney, l'Homme-Mystère et le Pingouin dévoilent leurs propres plans. Bruce rencontre Ra's al Ghul et accomplit sa dernière mission pour réaliser son destin, mais il réalise qu'il ne peut se détacher de son passé. Pendant ce temps, Gordon tente de reconquérir Lee, les alliances passées au sein de Gotham City sont rompues, tandis que de nouvelles alliances se forment.