Après sa sortie de la cellule de protection, Gordon doit affronter de nouvelles menaces et de nouveaux dangers derrière les murs de la prison. Pour survivre, il doit compter sur un nouvel ami, ainsi que sur Bullock et d'autres aides extérieures. Pendant ce temps, le Pingouin se rapproche de son père, tandis que sa belle-mère et ses demi-frères et sœurs poursuivent leurs propres plans pour la famille.