En quelques semaines seulement, Cyclonis conquiert tout Atmos. Tous les Chevaliers Célestes sont emprisonnés dans une prison de cristal et leurs véhicules détruits. Seuls les Faucons de la Tempête survivent, jouant des tours enfantins à Cyclonis. Piper est en mauvaise posture, le Lien l'affaiblissant lentement malgré son inaction. Cyclonis, exaspéré par leur résistance, menace de détruire Terra Atmosia, et les Faucons de la Tempête se rendent pour l'en empêcher. Il s'agit en réalité d'une ruse pour atteindre la prison de cristal, qu'Aerrow brise avec l'aide de Piper. Les Chevaliers Célestes libérés tentent d'abattre Cyclonis avec des Skimmers volés, mais ne parviennent pas à percer le blindage des pontons de lévitation. Stork et Finn découvrent cependant que la technologie cristalline des Night Crawlers est incompatible avec la fourrure de Radarr. Pendant ce temps, Aerrow et Piper affrontent Cyclonis et l'As des Ténèbres. Déjà affaiblie, Piper finit par épuiser son pouvoir de renforcement. Mais lorsqu'Aerrow insiste sur le fait qu'ils mourront ensemble, le Lien s'écoule de lui vers elle, la rétablissant et leur insufflant à tous deux une nouvelle force. Incapable de les vaincre avec ses pouvoirs habituels, Cyclonis puise dans le cristal de l'autre côté pour renforcer le Dark Ace, mais, emportée par la colère, elle le détruit. L'énergie libérée détruit le cristal, permettant à Finn et Junko de désactiver les pontons. Cyclonis s'échappe par la porte menant à l'autre côté, suivie par les Storm Hawks. La scène finale est narrée par Starling, qui explique que six heures se sont écoulées depuis leur victoire. Ils hissent le drapeau des Storm Hawks, les plus braves héros qu'Atmos ait jamais connus. Pendant ce temps, les Storm Hawks atteignent l'autre côté, peuplé de nouvelles créatures et de nouveaux lieux. L'histoire se poursuit dans la saison trois de Storm Hawks, de l'autre côté d'Atmos.