Sacha et ses amis arrivent au Centre Pokémon où la machine de transfert de Poké Balls cause des problèmes : les Pokémon transférés n'arrivent jamais à destination. Sacha et ses amis décident d'accompagner Porygon, un Pokémon virtuel utilisé par le Professeur Akihabara, pour enquêter sur le problème. Ils découvrent alors que la Team Rocket et un autre Porygon sont responsables.