Lorsque Colress, scientifique de la Team Plasma, utilise sa machine pour extraire la force des Pokémon, les Pokémon sauvages contrôlés attaquent les habitants de la ville voisine de Floccesy. Sacha, Iris et Rachid se retrouvent pris au piège lorsque Pikachu et Coupenotte tombent également sous son contrôle. Sauvés par Beladonis, ils acceptent de l'aider dans son enquête sur la Team Plasma et le complot de Colress.