Après que le Mustébouée d'Ash a détruit la Tour Sacrée, un Spiritomb est libéré et attaque Ash, Aurore, Pierre et un village voisin. Jessie lui révèle alors qu'Ash est un descendant du Gardien de l'Aura, qui possède justement un Pikachu l'ayant scellé. Ash part donc à la recherche du Spiritomb et, avec l'aide de Pikachu, ils parviennent à l'enfermer dans la Tour Sacrée.