Peu après l'enterrement de Mulder, Billy Miles est retrouvé mort, mais il revient mystérieusement à la vie. Skinner et Scully fondent tous leurs espoirs sur l'exhumation de Mulder et la découverte qu'il est lui aussi toujours vivant. Alors que Mulder est hospitalisé et que son état ne laisse présager aucune guérison complète, Krycek propose à Skinner un vaccin contre le virus qui l'a infecté. En contrepartie, Skinner devra avorter l'enfant à naître de Scully.