Mulder est jeté en prison dans l'enceinte de la Zone 51, mais est libéré lorsqu'on découvre que l'enregistreur de vol qu'il a volé était un faux. Scully reprend ses esprits et réalise que le Mulder qu'elle voit n'est pas le vrai. Elle retourne au Nevada pour aider le véritable Mulder. Pendant ce temps, le mécanisme à l'origine de l'échange de corps se remet rapidement en marche, annulant tout sur son passage, et Mulder et son alter ego doivent se dépêcher de retrouver leur place.