Les dossiers X étant classés, Scully est affectée à l'enseignement à l'Académie du FBI tandis que Mulder se consacre à des tâches subalternes de surveillance. Après une rencontre avec le sénateur Matheson, l'un de ses soutiens concernant les dossiers X, Mulder désobéit aux ordres et se rend sur un site SETI abandonné à Porto Rico, qui s'est inexplicablement réactivé et pourrait fournir la preuve d'un contact avec une vie extraterrestre.