La saison s'achève sur une vague de maladie qui frappe gravement la population à travers le pays. La panique s'empare des habitants et Scully se tourne vers son for intérieur pour trouver un remède. Pendant ce temps, Mulder confronte l'homme qu'il soupçonne d'être à l'origine de tout cela, mais une autre personne de leur passé pourrait bien être la clé de leur salut.