Lors d'une descente dans une réunion avec un représentant étranger qu'il soupçonne de corruption et d'activités criminelles, Daisuke Aramaki, de la Sécurité publique, rencontre un cyborg mystérieux. Se présentant comme Motoko Kusanagi, le cyborg propose au ministre de l'Intérieur la création d'une nouvelle unité des forces spéciales. Aramaki demande à Kusanagi de mener une enquête dans un premier temps.