Amity Park est plongée dans le chaos par la première invasion massive de fantômes de la ville. Tout cela fait partie d'un plan du shérif Walker, chef de la Zone Fantôme, pour capturer Danny Phantom. Alors que Danny affronte d'abord, puis se lie d'amitié avec un fantôme imposant nommé Wulf, Walker et ses adjoints « éclipsent » la plupart des proches de Danny. Tout en échappant aux attaques de ses parents chasseurs de fantômes, Danny vainc Walker et rétablit le calme en ville – mais gagne au passage le titre d'« Ennemi public fantôme numéro 1 » !