L'expédition Atlantis découvre mystérieusement le Daedalus, abandonné et dérivant dans l'espace. Lorsque l'équipe du lieutenant-colonel John Sheppard arrive pour enquêter, le vaisseau disparaît mystérieusement. Ils découvrent rapidement qu'il s'agit en réalité d'un Daedalus alternatif provenant d'une réalité parallèle, et l'équipe doit trouver un moyen de retourner dans son univers sous peine d'être piégée à jamais dans une réalité qui lui est étrangère.