Lorsqu'un mystérieux organisme extraterrestre prend possession du corps du Dr Jennifer Keller, le Dr Carson Beckett, récemment réanimé, et son équipe recherchent désespérément un sérum pour la sauver de l'intrus en pleine évolution avant qu'il n'infiltre Atlantis. Entre-temps, Richard Woolsey rejoint officiellement l'équipe, ayant été choisi pour remplacer le colonel Samantha Carter à la tête de l'expédition Atlantis.