Michael Kenmore a infiltré Atlantis avec une armée d'Hybrides et a bouclé le Centre des Opérations de la Porte des Étoiles ainsi que les niveaux environnants pour empêcher toute reprise de la cité. Son plan : capturer Teyla Emmagan et son enfant pour perfectionner ses Hybrides, puis détruire la base une fois leur mission accomplie. Pendant ce temps, le lieutenant-colonel John Sheppard, le docteur Rodney McKay et une équipe tentent de reprendre la cité avant que Michael ne s'enfuie avec ce qu'il convoite. 307.