Désormais incarcérés à Sona, une prison panaméenne, Michael, T-Bag, Bellick et Mahone tentent de s'évader. À leur grand désarroi, ils découvrent que les autorités ont abandonné la prison en raison de la menace que représentent les détenus les plus dangereux. Michael part à la recherche d'un détenu nommé Whistler dans les égouts. Lincoln, intrigué par la disparition soudaine de Sara, apprend que LJ a des ennuis. Il tente également de récupérer les 5 millions de dollars.