Michael Scofield, ingénieur en structure, tente de braquer une banque pour se faire incarcérer au pénitencier d'État de Fox River, où son frère Lincoln Burrows, accusé du meurtre du frère du vice-président, doit être exécuté. À Fox River, Michael approche plusieurs détenus, qui jouent tous un rôle important dans son plan d'évasion. Pendant ce temps, les agents Kellerman et Hale sont déterminés à ce que l'exécution ait lieu comme prévu. Le fils de Lincoln, LJ, a des ennuis.