Les habitants de l'île Macross tentent de reprendre une vie normale à bord de la gigantesque forteresse de combat. Sur fond de guerre interplanétaire, le drame humain se déroule alors que les forces Zentraedi poursuivent le SDF-1 et continuent le conflit entamé sur Terre. Le capitaine Gloval doit prendre une décision cruciale qui déterminera le sort de près de 70 000 réfugiés !