Dans un futur proche, une grande partie du monde a été engloutie par les océans à cause de la montée des eaux. Natsuki Ikaruga, qui vit dans une petite ville isolée par la mer, est invité par une mystérieuse femme, Catherine, à partir à la recherche d'un trésor dans la maison de sa grand-mère, une géologue marine. Un jour, il plonge au fond de l'océan à bord d'un sous-marin et découvre une mystérieuse capsule contenant une jeune fille endormie. Cette jeune fille est un humanoïde si sophistiqué qu'on pourrait la prendre pour une humaine.