Lors d'un voyage à Port Mobius, Sonic, Manic et Sonia apprennent que des navires coulent à cause de la créature marine de Mobius. La légende prend une tournure suspecte lorsque les hérissons rencontrent le capitaine Squeegee, qui leur révèle une arnaque : les habitants seraient censés se fier à Robotnik pour se protéger du monstre marin, alors qu'en réalité, c'est Robotnik lui-même qui coule les navires. Sonic devra surmonter sa peur de l'eau et du monstre pour découvrir la vérité et ainsi apaiser les craintes de cette ville côtière.