Accusée de meurtre, Brennan est en fuite, traquée par le FBI, avec l'aide de son père, Max. Booth et l'équipe du Jeffersonian sont persuadés que le génie de l'informatique Christopher Pelant a manipulé des preuves cruciales pour faire d'elle la principale suspecte. Un tuyau anonyme les conduit alors à la dépouille d'une conseillère d'orientation d'un lycée, qui pourrait détenir la clé de l'innocence de Brennan.