L'automne approchant, Phineas et Ferb décident d'inventer « S'Fall », un monde coloré rempli d'immenses tas de feuilles et de courges. Pendant ce temps, chez Evil Inc., le Dr Doofenshmirtz prend sous son aile Rodrigo, un apprenti maléfique. Malheureusement, Rodrigo est véritablement maléfique, et lorsqu'il capture le Dr Doofenshmirtz et l'agent P, c'est au fils du Major Monogram, Monty, de sauver la situation.