Après avoir localisé et récupéré l'Amulette de Juatchdoon, le duo d'archéologues aventuriers Ohio (Phineas) Flynn et Rhode Island (Ferb) Fletcher partent pour l'Amérique du Sud afin d'aider Isabella, une demoiselle en détresse, à retrouver le Temple Perdu de Juatchdoon et sa mère disparue. Cependant, le Dr Doofenshmirtz a d'autres projets pour l'amulette : réveiller le colosse de maïs maléfique et lui donner le pouvoir de détruire le monde.