« …Que faisait-elle à la fin ? » Après s'être réveillée de son long sommeil au musée, Vivy assiste à une scène d'horreur : des humains sont massacrés par l'IA. La guerre entre humains et IA a éclaté et, dans la confusion, Vivy retrouve Matsumoto. Ils constatent l'échec du Projet Singularité et partent à la recherche du Dr Matsumoto, l'architecte de ce voyage de cent ans, afin de résoudre la situation.