Alors que le compte à rebours avant le crash de la Colonie Spatiale Arc s'égrène, Sonic, Eggman, Bokkun, Dekkun, Knuckles, Tails et Rouge tentent de remettre l'Émeraude-Mère à sa source d'énergie : les Émeraudes du Chaos. Pendant ce temps, Shadow est confronté à Chris, qui lui rappelle le vœu de Maria : aider l'humanité. Alors que Sonic, Knuckles et les deux robots atteignent la source d'énergie, un temple du Chaos reconstitué, une créature hybride robot/organique les attaque. Cherchant un moyen de les contourner, Shadow propose de distraire la bête suffisamment longtemps pour stopper la colonie. Réussiront-ils ? Regardez pour le découvrir !