Alors que la puissance du Monde des Trains s'affaiblit, des virus apparaissent et commencent à infecter ses habitants. Infectés, les trains perdent le contrôle de leurs moteurs et roulent jusqu'à épuisement complet de leur énergie. Pendant que Selly recherche le vaccin, Kay et Duck pénètrent dans la zone infectée, la Zone D. Le virus s'est déjà propagé dans toute la région, mettant les trains en danger.